从1999年以来，神舟飞船共进行了六次飞行，取得了圆满成功。参加研制和试验的广大工程技术人员以自强不息、勇于拼搏的民族精神，战胜艰难险阻，创造了共和国载人航天史上的辉煌，实现了载人航天技术的不断跨越。那么，6艘飞船都有什么不同，特别是神舟六号与神舟五号有什么不同呢？

神舟一号飞船 着重考核了飞船研制的5大关键技术。神舟一号飞船是我国发射的第一艘试验型飞船，主要利用长征二号F火箭发射的机会，着重考核整个载人航天工程总体设计方案的可行性，特别是飞船系统的舱段分离技术、调姿制动技术、升力控制技术、防热技术和回收着陆技术等5大关键技术的可靠性，因此，飞船采用了最小的配置，仅上了与飞船返回系统紧密相关的8个分系统，飞船的轨道舱也没有进行留轨试验。

1999年11月20日，神舟一号飞船发射成功，经过21小时11分的太空飞行，绕地球飞行14圈后，准确返回，神舟一号首次飞行试验取得了圆满成功。标志着中国在载人航天飞行技术上实现了重大突破。

神舟二号飞船重点考核两个系统，完善其它系统。神舟二号飞船作为我国第一艘按载人飞行要求而采用全系统配置的正样无人飞船，其在完善了第一艘神舟号飞船在舱内温控、系统配合等方面存在的不足基础上，重点考核了环境控制与生命保障、应急救生两个分系统的功能，进一步检验了飞船系统与其他系统的协调性。同时，轨道舱进行了长达半年之久的留轨试验。

2001年1月l0日，神舟二号飞船成功发射，按设计要求在太空飞行7天，绕地球108圈后返回地面，这是新世纪全世界第一次航天发射，标志着中国载人航天事业取得了新的进展，向实现载人航天飞行的目标迈出了可喜的一步。

神舟三号飞船优化性能，增加载人有关设备，特别是逃逸塔。神舟三号飞船是神舟二号的改进型，对神舟二号某些部分做了进一步改进并通过了大量地面试验验证。同时，在神舟三号上，增加了部分载人所需设备和技术，尤其是增加了在飞船发射出现故障时，用于保证航天员安全脱离危险的逃逸救生塔。进一步优化改进了许多分系统的性能，这些工作对确保航天员安全措施方面得到了较大完善。

2002年3月25日，神舟三号飞船发射成功，4月1日安全返回。这是中国发射成功的第一艘完全处于载人技术状态的正样无人飞船，表明中国已完全掌握载人航天天地往返技术。

神舟四号飞船完善了应急救生系统功能，优化了舱内载人环境，增加了航天员手动控制系统，增强了整船偏航机动能力。神舟四号飞船，在充分继承前三艘无人飞船成熟技术的基础上，进一步提高了飞船的可靠性和安全性。同时，设计人员还改善了舱内载人环境，充分考虑了航天员座椅使用、出舱进舱、操作是否方便舒适等因素，为航天员创造出了一个美观舒适的“太空卧室”。为了验证飞船的各项性能，2002年，正在训练中的航天员还在神舟四号飞船上进行了为期一周的适应性测试。 经过航天员与飞船的人船联合测试、工效学评价试验考核，航天员普遍对飞船的操作设计和工作环境反映良好。